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想提高PCR特異性嗎,?用對酶很重要,!

作者:康潤生物
發(fā)布時(shí)間:2022-12-12
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隨著常規(guī)PCR技術(shù)在分子生物學(xué)各個(gè)領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用,非特異性擴(kuò)增等現(xiàn)象也經(jīng)常出現(xiàn),,造成實(shí)驗(yàn)結(jié)果的不準(zhǔn)確性,。


非特異性擴(kuò)增的產(chǎn)生和影響

普通的Taq DNA 聚合酶的最適溫度是72℃,,此時(shí)酶的活性最佳,低于此溫度,,酶有較弱活性,。在PCR擴(kuò)增的升溫過程中,酶發(fā)揮較弱的活性,,體系極易錯配或形成引物二聚體,,尤其是當(dāng)設(shè)計(jì)的引物3’端是G 或C,錯配的鏈很難重新解開,。非特異性擴(kuò)增正是由于DNA聚合酶低溫下具有活性而引起的錯誤引導(dǎo)靶標(biāo)延伸和引物二聚體形成的,。


非特異性擴(kuò)增的具體影響包括:

  • 目標(biāo)擴(kuò)增子產(chǎn)量低,;

  • 目標(biāo)擴(kuò)增子的靈敏度下降;

  • 下游應(yīng)用效果不佳,。

因此,,要提高PCR 擴(kuò)增的特異性和降低反應(yīng)錯配率,可以人為的控制酶的活性,,在72℃之前讓酶不發(fā)揮活性,這樣就避免了在升溫(或配置反應(yīng)體系)過程中發(fā)生鏈的錯配,,從而保證擴(kuò)增的特異性,。

而目前最常用的提高PCR特異性的方法是使用熱啟動型Taq DNA聚合酶進(jìn)行擴(kuò)增,即熱啟動PCR,。


熱啟動PCR  

熱啟動PCR,,主要利用酶的修飾物在常溫下抑制DNA聚合酶的活性,加熱到變性溫度時(shí)修飾物失活,,酶活得以釋放,,從而使PCR反應(yīng)正常進(jìn)行。

熱啟動PCR的優(yōu)勢:

  • 阻止引物與低同源性的模板序列結(jié)合,;

  • 在PCR反應(yīng)開始之前,,防止引物與引物之間形成引物二聚體;

  • 提高目的片段的擴(kuò)增靈敏度和產(chǎn)量,;

  • 可在室溫下配制反應(yīng)體系和設(shè)置反應(yīng)程序,,使操作更為便利,且不會影響擴(kuò)增性能和特異性,。

熱啟動 Taq DNA聚合酶的修飾方法

熱啟動Taq DNA 聚合酶常用的修飾方法有化學(xué)修飾法,、抗體法和配體修飾法等。其中化學(xué)修飾法和抗體法最為常用,。雖然它們都能抑制室溫下的聚合酶活性,,但兩者之間存在一些差異。

化學(xué)修飾法

化學(xué)修飾法熱啟動Taq DNA聚合酶:一般采用化學(xué)小分子,,如酸酐,,與聚合酶上的氨基酸基團(tuán)(賴氨酸)結(jié)合,使酶低溫時(shí)失去酶活,。加熱至特定溫度和時(shí)間后,,化學(xué)小分子與氨基酸之間的化學(xué)鍵斷裂,酶活釋放,,從而達(dá)到熱啟動效果,。化學(xué)修飾可有效封閉酶的活性,,操作簡單,,酶活性釋放速度較慢,,酶活性維持更加穩(wěn)定且無任何外源DNA污染,性價(jià)比更高,。

但是,,酶激活時(shí)間較長可能會影響酶的活性,導(dǎo)致PCR產(chǎn)物的產(chǎn)量降低,。


檸康酸酐與酶結(jié)合的原理

一般認(rèn)為Taq DNA聚合酶上賴氨酸基團(tuán)有42個(gè)左右,,但是由于空間結(jié)構(gòu)限制,其中一部分賴氨酸基團(tuán)在基團(tuán)內(nèi)部,,無法與化學(xué)修飾基團(tuán)相結(jié)合,。

抗體法

抗體法熱啟動Taq DNA聚合酶:一般使用Taq DNA聚合酶抗體,在PCR反應(yīng)高溫加熱前,,抗體與DNA聚合酶結(jié)合,,封閉酶活性。在加熱至變性溫度時(shí)抗體變性,,解除封閉從而釋放酶活性,。此外,抗體型熱啟動酶由于酶活釋放速度快,,可大大降低PCR反應(yīng)時(shí)間,,且具有更高的靈敏度和擴(kuò)增效率。

但其缺點(diǎn)是抗原抗體結(jié)合是一種動態(tài)平衡,,試劑配比優(yōu)化時(shí)間長,。

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抗體與DNA聚合酶特異性結(jié)合封閉原理示意圖

兩種熱啟動修飾方法的比較

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優(yōu)質(zhì)的熱啟動 Taq DNA聚合酶


熱啟動PCR目前的應(yīng)用已是非常廣泛,在較難擴(kuò)增的PCR反應(yīng)如基因組DNA,、單拷貝序列的擴(kuò)增,、多重PCR和超長片段的擴(kuò)增中的應(yīng)用尤為突出。

優(yōu)質(zhì)的熱啟動Taq DNA聚合酶,,能有效降低或消除非特異性產(chǎn)物以及引物二聚體的形成,,提高引物與模板結(jié)合的效率。進(jìn)一步提高目的基因的擴(kuò)增產(chǎn)物量,,使PCR反應(yīng)更趨于完美,。

GenStar相關(guān)產(chǎn)品

HotStart Taq DNA Polymerase(Cat#A131)

  • 靈敏快速:抗體修飾熱啟動酶,擴(kuò)增靈敏度更高,,反應(yīng)速度快,;

  • 性能優(yōu)異:擴(kuò)增效率高,重復(fù)性好,,跨度均一,;

  • 兼容性強(qiáng):適用于各種PCR或qPCR反應(yīng)體系。

HotStart Power Taq DNA Polymerase(Cat#A135)

  • 特異性強(qiáng):化學(xué)修飾熱啟動酶,,酶活封閉更完全,,有效抑制非特異性擴(kuò)增,;

  • 性能穩(wěn)定:95℃加熱10 min,徹底釋放酶活性,;

  • 適合復(fù)雜模板:適用于從復(fù)雜模板中擴(kuò)增低拷貝基因,。

產(chǎn)品列表

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主要參考資料:

Saiki RK,Scbarf S,,F(xiàn)aloona F,,el a1.Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site anaylisis for diagnosis of sickle cell anemia[J].Science,1985,,230(4732):1350-1354.

W ang Y,,Prosen DE,Mei L,,et al A novel strategy to engineer DNA polymerases for enhanced processivlty and improved performance in vitro[J] Xucleic Acids Research,,2004,;32(3):1197-1207.

Hiroshi M, et al. Characterization and Application to Hot Start PCR of Neutralizing Monoclonal Antibodies against KOD DNA Polymerase. [J].Synthetic Chemistry and Biological Chemistry.1999, 126(4):762.

周曉薇,,朱雪蛟,田玲,,等.耐熱Taq DNA聚合酶的酸酐修飾及其在降低PCR非特異性擴(kuò)增中的應(yīng)用評價(jià)[J].浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào),,2011,23(3):500—505.