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如何證明反轉錄第一鏈cDNA成功了?

作者:康潤生物
發(fā)布時間:2021-11-02
1310次瀏覽

這個問題出自XXX領導之口

那小編我著實需要好好捋捋


為此小編我整日抓耳撓腮

百思不得其解

按理來說,RNA的質量沒問題(28s和18s rRNA是否清晰、明顯,亮度比符合2:1),那么RT產生的cDNA一般是不會出現(xiàn)問題的。但是偏偏有那么些個博學多才、才高八斗的抖機靈們想要一探究竟!

作為2G沖浪選手,小編我也機靈了一回


聽聽學霸網(wǎng)友們的聲音

一號學霸:

一般可以用電泳檢測是否合成適當大小片段的帶,這方法看cDNA大小沒問題(自信);如果想看堿基那當然還是測序或者使用探針檢測,就是比較麻煩(一如既往的自信)


二號學霸:

cDNA的質量不好判斷,因為cDNA產物是smear,所以只能根據(jù)smear的分布范圍大概估計cDNA的質量,分布范圍越大越好。但是,電泳看到的smear因為還和加樣量相關,所以即使沒有看到分布很廣的cDNA一鏈,也并不等于它不存在(淡定如斯)


三號學霸:

用PCR檢測合成的cDNA中管家基因的量,如果出現(xiàn)比較好條帶,基本可以證實你的cDNA沒有問題,我們實驗室一直這樣控制(眾人)


四號學霸:

如果不怕煩的話,可以在反轉第一鏈時加入少量同位素標記的dNTP,然后看一下放射比活度或做個放射自顯影(別出心裁)


五號學霸:

首先看你用什么方法合成cDNA,如果隨機引物合成,三號的建議可以考慮(因為管家基因片段多數(shù)較短)。如果是LD PCR,則這些內參可能無法檢驗結果的好壞(有條有理)


六號學霸:

ds?cDNA檢測我倒是做過(LD PCR),理論上由總RNA起始的,哺乳動物應該1.2%濃度的瓊脂糖凝膠于0.5~6kb(可達10kb以上)有明顯的smear,且有一些明顯的亮帶(腦、脾、胸腺除外)(過來人代表)


七號學霸

做內參照啊!如GAPDH,β-actin,β-MG等(言簡意賅)


.........(好多學霸,真好!)


么多學霸出謀劃策,你,懂了嗎?

為了防止有人和小編一樣可愛,英語、術語分不開,我先來解釋一下:

Smear:彌散帶

LD PCR:全稱Long Ditance PCR即長片段PCR

ds?cDNA:指依靠DNA聚合酶,與cDNA相互補的第二鏈cDNA


小編給大家做了總結,請各位霸霸查收~

選擇試劑盒:您做RT實驗想得到什么樣的產物呢?

產品推薦

不含RNase H(合成長度更長)


預混組分(簡單高效快捷)


一步法(輕松得到雙鏈cDNA)


?如何檢測第一鏈cDNA合成成功??

cDNA電泳檢測(大多數(shù)學霸推薦,簡單快速,但需注意特殊情況)

? ? ? ?取約5ul反應產物,在1%瓊脂糖凝膠上電泳,EB染色,紫外成像檢測,呈現(xiàn)出大小在200-10Kb的拖帶,其中重心區(qū)域小1-4Kb之間,這說明反轉錄完全,得到了高質量的cDNA(如果RNA豐度低,電泳也可能是無產物,但是這種情況不代表PCR會無結果)。


cDNA測序(受限較多,但結果精準)

? ? ? ?全長雙鏈cDNA做分子克隆實驗,然后通過測序結果精確判斷。

a.? Oligo(dT)18和Random Primers按比列使用可解決poly(A) mRNA模板限制和長度限制的問題

b.? 序列特性引物可獲得你想要得目的序列


探針檢測(相對較麻煩,但結果較精準)

? ? ? ?qPCR或RT-qPCR步驟


管家基因/內參基因(引物類型限制,適用范圍受限)

? ? ? ?以反轉錄產物為模板,擴增內參基因,擴增有結果,說明cDNA的質量基本可以保證,這個方法限制于隨機引物擴增(因為管家基因片段多數(shù)較短)。

? ? ? ?而Oligo(dT)18與序列特異性引物擴增或我們做LD PCR(2kb、10kb等長片段)時,這些內參擴增的幾率遠大于全長或大片段cDNA的擴增,這時可能就無法通過內參來檢驗cDNA擴增結果的好壞。


同位素標記

? ? ? ?反轉錄中加入少部分同位素標記的dNTP

? ? ? ?放射比活度或放射自顯影檢測